Ngày 2/4/2013, Bộ Giáo dục và Đào tạo đưa ra hình thức xử lý kỷ luật đối với hiệu trưởng Nguyễn Văn Nam. Về việc ông Nguyễn Văn Nam đã ban hành một số văn bản quản lý nhà trường không đúng quy định của pháp luật, chuyển đổi khoa Ngân hàng – Tài chính thành Viện Ngân hàng – Tài chính không thảo luận lấy ý kiến tại cơ sở; việc tách bộ môn Tài chính tiền tệ không lấy ý kiến của Ban chủ nhiệm khoa, Hội đồng khoa học; việc bổ nhiệm 49 cán bộ nguồn tại chỗ thiếu bước nhận xét, đánh giá cán bộ và lấy phiếu tín nhiệm tại cơ sở; điều chuyển ông Phạm Ngọc Linh nóng vội sai quy định, xử lý kỷ luật ông Hà Huy Bình không đúng với quy định của pháp luật nhận hình thức xử lý là khiển trách. Việc ông Nam ký quyết định chuyển sinh viên Đào Văn Hướng từ khoa Quản trị kinh doanh Trường Đại học Tây Bắc sang lớp Ngân hàng tài chính (K50) trong khi SV này không đủ điều kiện nên theo Bộ “phải áp dụng hình thức kỉ luật cảnh cáo”. Tổng hợp các hình thức kỉ luật, ông Nguyễn Văn Nam phải chịu hình thức kỉ luật nặng hơn mức cảnh cáo là Hạ bậc lương.[5]
